酶作為一種主要清潔也有著廣泛的應用前景在食品工業中生鮮食品表面的蛋白質和油脂污垢也可以用酶加以清除，醫藥和生物工程有關產業，目前國外正在研究；用微生物的清潔新技術，如石油工業利用解脂假絲酵母、粉孢霉菌等進行發酵脫蠟可除去石油及其餾分產。新技術都和生物酶技術有著密切聯系。隨著清潔技術的展開，酶的應用范圍將會變得越來越廣泛。

1.過濾裝置的清潔：工廠過濾裝置中的超濾膜和反滲透膜在使用過程中膜孔被堵塞，當堵塞膜孔的污垢主要是蛋白質等有機物時可放蛋白酶液中浸泡加以清除．而不會對膜造成任何損傷。

2.下水管道的清淤：家庭中下水管道常被菜葉、剩飯殘渣等有機污垢堵塞，可加人各種酶的混合物用于清淤。這類含酶的管道清潔，在一些國家已經開發上市生產電影膠片的工廠的下水道被生產中使用的明膠等污垢堵塞。明膠是一種動物蛋白，可以通過加蛋白酶來清淤。

3.感光膠片工業：蛋白酶被用于感光廢膠片清潔，使銀粒和片基得到回收，當廢膠卷浸入中性或堿性蛋白酶水溶液中，持適度攪動，膠片上的蛋白質明膠膜即會被蛋白酶分解，醋酸纖維素片基用溶劑溶，后也可再度利用。

4.隱性眼鏡片清潔：隱性眼鏡片的耐熱性、耐酸堿性都較差，因此要用專門制酌清潔液清潔。而用蛋白酶液浸泡去除鏡片指紋上的蛋質污垢是一種溫和而有效的方法。